研究生思想政治理论课教学部主要承担全校学各类型层次的硕士研究生和博士研究生的思想政治课的教学组织与管理工作。
博士研究生开设“马克思主义与当代”（包括“马克思恩格斯列宁经典著作选读”和“中国马克思主义与当代”）（56学时）；硕士研究生开设“中国特色社会主义理论与实践研究”（36学时），同时人文艺术类研究生开设“马克思主义与社会科学方法论”（18学时）、理工科类研究生开设“自然辩证法概论”（18学时）。
博士研究生思想政治理论课由校内外、院内外具有正高以上职称或者博士学位的专家组成教学团队；硕士研究生思想政治理论课由院内外具有副高以上职称或博士学位的教师按照课程组成三个教学团队。
西南大学是“中国特色社会主义理论与实践研究”课程教学改革试点工作的十所高校之一。“马克思主义与社会科学方法论”为重庆市精品课程，其余硕士、博士课程为校级精品课程。
研究生思想政治理论课教学部教师先后主持教育部人文社会科学研究专项任务项目“研究生思想政治理论课‘中国特色社会主义理论与实践研究’”（2010年）、2019年度高校示范新葡的京集团350vip8888和优秀教学科研团队建设项目重点选题·西部选题“西部地区高校研究生思想政治理论课教学研究”（2019）；重庆市研究生教育教学改革研究重点项目“研究生思想政治理论课教学改革与创新研究”（2011年）、“研究生思想政治理论课‘网络·课堂·实践’一体化教学模式研究”（2012年）；重庆市研究生教育教学改革研究一般项目“研究生思想政治理论课云教学课堂建设研究”（2012年）、“‘马克思主义与社会科学方法论’课程教学模式与考核模式改革探究”（2012年）、“贯穿科学思维方法的研究生思想政治理论课教学模式探索”（2013年）。研究生思想政治理论课教学部教师主持的 “研究生思想政治理论课教学改革创新探索”项目获西南大学第二届教学成果一等奖（2012年7月），在西南师范大学出版社出版教材《中国特色社会主义理论与实践研究》（2012年）、在高等教育出版社出版《科学思维激活思政课教师教学指导——以研究生“中国特色社会主义理论与实践研究”课为例》等教学研究成果。